Yayasan Pusat Kajian dan Pengembangan Islam Masjid Raya Baiturrahman Jawa Tengah didirikan pada tanggal 15 Desember 2006 berdasarkan Akta Notaris Indrijadi, S.H. Nomor 15 Tahun 2006. Ide pendirian yayasan ini berasal dari H.M. Ismail, Ketua Umum Yayasan Masjid Raya Baiturrahman sekaligus Ketua Umum Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah, yang mengusulkan penggabungan kedua yayasan mengingat kesamaan visi dan misi.
Pada rapat gabungan kedua yayasan pada tanggal 22 April 2006, ide penggabungan ini disambut baik oleh para pengurus. Pada tanggal 19 Mei 2006, Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah menyatakan resmi bergabung dengan Yayasan Masjid Raya Baiturrahman. Kesepakatan ini kemudian diformalisasikan melalui penandatanganan nota kesepahaman pada tanggal 28 November 2006, disaksikan oleh Pengurus MUI Jawa Tengah dan Kepala Bidang Penamas mewakili Kepala Kanwil Depag Provinsi Jawa Tengah.
Yayasan Pusat Kajian dan Pengembangan Islam Masjid Raya Baiturrahman Jawa Tengah resmi berdiri pada tanggal 15 Desember 2006, bertepatan dengan peringatan peresmian Masjid Raya Baiturrahman oleh Presiden Soeharto pada 15 Desember 1974.
Pada tahun 1950, beberapa pejabat, pemuka masyarakat, dan tokoh agama di Jawa Tengah menginisiasi pendirian sebuah masjid di Semarang. Usaha ini diresmikan melalui Akta Notaris K. Gondodiwirjo Nomor 35 Tanggal 14 November 1955, dengan nama Jajasan Masdjid Tjandi. Perintisnya antara lain:
Pada tahun 1958, Yayasan berhasil menyelesaikan pembangunan Masjid Tjandi di Jl. Merapi, Candi Baru, Semarang. Yayasan ini terus berkembang, dan pada tahun 1962 melalui Akta Notaris Nomor 20 tanggal 8 Mei 1962, wilayah kerja yayasan diperluas untuk mencakup seluruh Jawa Tengah.
Pada tahun 1963, Yayasan mengajukan permohonan untuk mendirikan sebuah masjid di Simpang Lima Semarang. Permohonan tersebut disetujui oleh Gubernur Jawa Tengah pada 30 April 1963, dan pembangunan dimulai pada tahun 1964.
Pada tanggal 22 Juli 1967, nama yayasan diubah menjadi Yayasan Masjid Baiturrahman, dan pada tanggal 10 Agustus 1968 dimulailah peletakan batu pertama pembangunan Masjid Baiturrahman di Simpang Lima. Masjid ini kemudian diresmikan oleh Presiden Soeharto pada 15 Desember 1974.
Pada tanggal 31 Oktober 1991, Masjid Baiturrahman ditetapkan sebagai masjid tingkat provinsi melalui Surat Keputusan Badan Kesejahteraan Masjid Provinsi Jawa Tengah, dan namanya diubah menjadi Masjid Raya Baiturrahman.
Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah berawal dari gagasan pendirian Islamic Centre Jawa Tengah oleh H. Moenadi, mantan Gubernur Jawa Tengah (1966-1974) yang saat itu menjabat Ketua Umum Yayasan Masjid Baiturrahman Semarang. Gagasan ini muncul kembali ketika Jawa Tengah menjadi tuan rumah Musabaqah Tilawatil Qur’an Nasional IX pada tahun 1979.
Pada tahun 1979/1980, Gubernur Soepardjo Roestam menganggarkan dana Rp25.000.000 untuk pengadaan tanah Islamic Centre Jawa Tengah. Lokasi tanah tersebut ditemukan di daerah Manyaran, Semarang, dan pembangunan Islamic Centre dimulai pada 14 Juli 1979 dengan peletakan prasasti oleh Menteri Agama, H. Alamsyah Ratu Perwiranegara.
Pada tanggal 23 April 1987, Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah resmi berdiri berdasarkan Akta Notaris Raden Mas Soetomo, S.H. Nomor 34 Tahun 1987, dengan ketua umum H. Moenadi. Setelah H. Moenadi mengundurkan diri pada tahun 1989, jabatan Ketua Umum diteruskan oleh Drs. H. Soeparto (Wakil Gubernur Jawa Tengah) pada tahun 1990.
Sebagai Ketua Umum Yayasan Masjid Raya Baiturrahman dan Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah, H.M. Ismail mengusulkan penggabungan kedua yayasan pada rapat tanggal 22 April 2006. Pada tanggal 19 Mei 2006, Yayasan Islamic Centre Jawa Tengah resmi menyatakan bergabung dengan Yayasan Masjid Raya Baiturrahman.
Akhirnya, pada tanggal 15 Desember 2006, didirikan Yayasan Pusat Kajian dan Pengembangan Islam Masjid Raya Baiturrahman Jawa Tengah melalui Akta Notaris Indrijadi, S.H. Nomor 15 Tahun 2006, dengan struktur organisasi yang baru.